КМНЦ подържа широка мрежа от партньорства – самостоятелно или в рамките на двустранните споразумения на БАН.
Центърът е член на няколко международни научни мрежи и на международни консорциуми, както и активен участник в програмата Еразъм (от 2003 г., в рамките на 14 двустранни договора).